La biología computacional y bioinformática es un campo interdisciplinario que desarrolla y aplica métodos computacionales, análisis de datos masivos, junto con modelos matemáticos y estadísticos para analizar grandes cantidades de datos biológicos ómicos generando conocimiento para responder preguntas en problemas de la biología. Específicamente, nuestros académicos trabajan en temáticas relacionadas con el ensamble y anotación de genomas complejos, ya sea en planta y/o humano; así como también la construcción de redes de interacción génica y regulación post-transcripcional, aplicado a genómica del cáncer, adaptación de plantas en ambiente extremo, metagenómica de bacterias lixiviantes, entre otros. Los/as estudiantes podrán especializarse en el desarrollo de algoritmos, uso y manejo de tecnologías de secuenciación y biotecnología vegetal.
Líneas de investigación
Biología computacional y bioinformática
Fisiología y física de sistemas biológicos
Esta línea estudia la manera como los sistemas biológicos mantienen su equilibrio interno a la vez que interactúan con el ambiente. Entendiendo a este último como la conjunción de factores que favorecen el desarrollo de las funciones biológicas, así como los que representan un desafío al equilibrio interno. Todos estos procesos se encuentran enlazados con intercambios de masa y energía, desde y hacia el organismo, y cuya comprensión ha estado ligada a grandes aportes desde las ciencias físicas, matemáticas y químicas. Actualmente, el laboratorio de Ciencias de la Salud de la UOH realiza investigaciones y aplicaciones en el ámbito de la fisiología mediante metodologías que utiliza, por ejemplo, al ejercicio como perturbación con el fin de estudiar los procesos fisiológicos, metabólicos y moleculares para mejorar y comprender la salud humana.
Procesamiento de imágenes médicas y modelamiento biofísico
Esta línea estudia el desarrollo de metodologías y tecnologías, basado en modelos físicos y matemáticos, y apoyado en computo de alto rendimiento, para el análisis y generación de imágenes médicas y de sistemas biológicos.
Programa de estudios
El Plan de Estudios del Programa de Doctorado en Ciencias de la Bioingeniería, contempla 240 SCT-Chile, a jornada completa, los cuales se distribuyen como se indica a continuación:
- 24 créditos mínimos en cursos obligatorios diferenciados por perfil de ingreso de los/as estudiantes.
- Estudiantes con un perfil ingreso en ciencias básicas, matemáticas, física, ingenierías o afín deberán realizar los cursos:
- Bioquímica y Biología Molecular
- Fisiología y Biofísica
- Estudiantes con un perfil en ciencias biológicas, ciencias biomédicas o afín deberán realizar los cursos:
- Métodos Matemáticos
- Métodos Físicos
- 56 SCT- Chile en cursos obligatorios
- 24 SCT- Chile en cursos de electivos
- 08 SCT-Chile en talleres de habilidades transversales dentro de las siguientes opciones:
- Taller de escritura científica
- Taller de ética, innovación y propiedad intelectual
- Taller de divulgación y vinculación
- 128 SCT-Chile en actividades curriculares de tesis doctoral
Cursos en ciencias exactas o ciencias biológicas
Un elemento diferenciador propuesto en este programa es un plan de estudios base dinámico que se adapta al perfil de ingreso del/de la postulante, para fortalecer a los/as estudiantes en ambas áreas del conocimiento, de esta manera:
- Los/as estudiantes con un perfil de ingreso en ciencias matemáticas, físicas y/o ingeniería deberán realizar en el primer año de manera secuencial los cursos teóricos de Bioquímica y Biología Molecular y Fisiología de Biofísica.
- Los/as estudiantes con un perfil de ingreso en ciencias de la salud deberán realizar en el primer año de manera secuencial los cursos teóricos de Métodos Matemáticos y Métodos Físicos.
Cursos transversales transdisciplinarios
Todos/as los/as estudiantes del programa deberán realizar cursos de manera conjunta. Este grupo de cursos permitirá que los/as estudiantes se formen en los conocimientos y prácticas metodológicas en bioingeniería desde una perspectiva transdisciplinar, así como desarrollar habilidades comunicacionales.
- Tópicos en Bioingeniería busca desarrollar una base científica cultural de los temas desarrollados en el ámbito de bioingeniería a nivel nacional e internacional focalizado en las líneas de investigación del programa. Curso expositivo y demostrativo dirigido de manera colegiada entre representantes de líneas de investigación.
- Journal Club es un curso que busca introducir a la lectura de artículos científicos en bioingeniería y su exposición a pares a través de una revisión crítica de los contenidos.
- Programación Avanzada busca profundizar los conocimientos de programación y análisis de datos masivos junto con herramientas para realizar ciencia de datos, además de conocimiento, desarrollo y aplicación de algoritmos matemáticos en diferentes lenguajes.
- Rotación en Investigación presenta las líneas de investigación y su aplicación en los distintos espacios de investigación a los/as estudiantes a través de pasantías cortas con el objetivo de elegir un proyecto de tesis de manera informada.
Cursos de investigación
Todos/as los/as estudiantes deben realizar cursos transversales para preparación de Proyecto de Tesis y Examen de Calificación. Estos cursos son Proyecto de Tesis y Seminario de Investigación.
Cursos electivos
Los cursos electivos buscan profundizar conocimiento y habilidades adaptadas a las necesidades de cada uno de los/as estudiantes. Por lo tanto, estos cursos irán rotando en función de la oferta y demanda de los/as estudiantes.
Cursos de tesis
A partir del cuarto semestre del programa los/as estudiantes que hayan aprobado el examen de calificación serán guiados por sus directores de tesis para el desarrollo de una actividad de investigación original, independiente, de alto impacto, novedosa y creativa, que aporte al conocimiento desde un punto de vista científico y tecnológico en la interfaz de las Ciencias de la Bioingeniería.
Actividades de seguimiento
Cada candidato/a del Programa contará con un Comité de Seguimiento de Tesis durante el desarrollo de los cursos de Tesis del Plan de Estudios del Programa. El Comité de Seguimiento realizará al menos tres (3) actividades de seguimiento al/a la estudiante durante el Programa.
- El primer seguimiento se realizará durante el curso de Proyecto de Tesis en la cual el Comité supervisará el avance del proyecto y la guía de los/as profesores guía para la presentación del Examen de Calificación.
- El segundo seguimiento se realiza en el marco del curso de Tesis II. Consistirá en una presentación oral al Comité de los avances de los resultados obtenidos. En esta instancia el Comité evaluará el estado de avance y orientará al candidato/a para alcanzar a finalizar su tesis en el tiempo nominal del programa.
- El tercer seguimiento se realiza en el marco del curso de Tesis IV. Esta instancia consiste en la presentación de un borrador preliminar de la tesis y una presentación oral. Tiene como objetivo evaluar el cumplimiento de los objetivos y el nivel de experticia del/de la candidato/a en torno al tema de investigación. En función de esta evaluación, la Comisión autorizará al/a la candidato/a para realizar la escritura del escrito final, o bien, recomendar una solicitud de extensión de un (1) semestre en caso de que el borrador y la presentación no cumplan con los estándares esperados por el Programa. La autorización por parte del Comité habilita al/ a la estudiante a preparar el escrito final y su defensa privada.
Los/as estudiantes se presentan al Examen de Calificación al final del tercer semestre del programa. El examen consiste en la defensa del proyecto de tesis, y será evaluado por la Comisión de Examen de Calificación.
El/la estudiante realizará la preparación del Examen de Calificación durante el curso de Seminario de Investigación.
El Examen de Calificación corresponde a la presentación oral y escrita del proyecto de investigación. El proyecto debe contener un análisis del estado del arte, hipótesis, objetivos, metodología, planificación y carta gantt del proyecto.
La actividad de tesis doctoral debe consistir en una investigación original, independiente, de alto impacto, novedosa y creativa, que aporte al conocimiento desde un punto de vista científico y tecnológico en la interfaz de las Ciencias de la Bioingeniería.
Para el desarrollo de la tesis el/la estudiante contará con 2 directores de tesis. Los/as directores deben ser de área del conocimiento diferentes (ej. matemáticas y biología, respectivamente), con el objeto de asegurar el desarrollo de un proyecto en la interdisciplina.
Además, el programa contará con un Comité de Seguimiento de Tesis que tendrá como objetivo realizar la evaluación de las actividades anuales de seguimiento, instancias en la cual el estudiante presentará de forma oral y escrita los avances realizados en sus tesis.
La obtención del grado de Doctor/a en Ciencias de la Bioingeniería requiere:
- Haber aprobado el Plan de Estudios del Programa.
- Haber aprobado el Examen Grado (tesis, defensa pública y defensa privada).
- Haber cursado 180 SCT en el Programa.
- Ser el/la autora principal de al menos un artículo científico aceptado en una revista científica indexada en WoS o de una aplicación formal de patente, enmarcado en los objetivos de la Tesis; en casos excepcionales el Comité del Programa podrá tomar resoluciones respecto al estado del artículo científico.
- Haber realizado al menos dos (2) presentaciones científicas acreditables.
- Cumplir con las exigencias administrativas y financieras del Programa.
La calificación final se obtiene a partir de la siguiente ponderación de las notas parciales:
- 60% del promedio ponderado acumulado del Plan de Estudios
- 40% calificación obtenida en el Examen de Grado.
El Examen de Calificación será aprobado o reprobado. La nota del manuscrito presentado en el Examen de Calificación será la nota correspondiente al Proyecto de Tesis.
Claustro
Profesores colaboradores
