Proyectos
- Marzo 2022 - Marzo 2025
En EjecuciónAgencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID
Enfermedades raras, redes socio-médicas y colectivos híbridos: un estudio exploratorio de la toma de decisiones de salud
[vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""]Las interacciones entre los individuos (médicos, pacientes, familias, entre otros), objetos (protocolos, evidencia, infraestructura y medicamentos por ejemplo) y procedimientos (ensayos clínicos, la producción de evidencia, intervenciones médicas, etc.) forman redes socio-médicas y colectivos híbridos que moldean las decisiones de salud. Estas redes se encuentran atravesadas por tensiones como la relación médico-paciente, el mercado farmacéutivo y la producción de la evidencia científica. Sin embargo, en las enfermedades raras estas tensiones no se articulan de la misma forma. Para que una enfermedad sea denominada como rara, debe tener una incidencia menor a 1 en 2000 personas según el criterio europeo. A diferencia de las enfermedades frecuentes, quienes padecen una enfermedad rara tienen una expectativa de vida muy limitada, la relación médico-paciente se deconoce en un escenario donde el/la enfermo/a o sus cuidadores pueden saber más que el especialista y las muestras naturalmente pequeñas hacen difícil el desarrollo de evidencia científica para la construcción de guías y protocolos, así como para la aprobación de terapias farmacológicas.
En este sentido, las enfermedades raras son objetos epistémicos. Esto es, objetos o cosas indeterminadas e incompletas en relación con los objetos cotidianos más sólidos y que se encuentran en un proceso continuo de ser definido materialmente. En ellos los fenómenos e instrumentos, el objeto y la experiencia, los conceptos y métodos están entremezclados en un proceso continuo de producción mutua. Las enfermedades raras, como categoría de objetos epistémicos, establecen relaciones intestables que producen simultáneamente diferentes formas de estar y ser en el mundo. Estudiar las decisiones de salud en enfermedades raras y los entramados que producen, no supone la exploración de diversas perspectivas del mundo, sino más bien la aceptación de mundos (la idea anglosajona de wordling); un giro ontológico que permite reparar la fractura cartesiana y sus efectos en las nociones de verdad y adecuación, por el reconocimiento de una pluralidad de mundos, compuestos por redes y ensamblajes de elementos heterogéneos, humanos y no humanos, cuyos tránsitos y guiones son negociados permanentemente entre sí. Para efectos de esta investigación las decisiones de salud no se consideran como cogniciones individuales, racionales y soberanas, sino como aquellas que se producen a partir de colectivos híbridos anclados en la idea de biociudadanía. De allí que no están localizadas en objetos o individuos particulares, sino en cogniciones colectivas producidas en redes socio-médicas -paráfrasis de las redes socio-técnicas- que permite subrayar el carácter biociudadano y biomédico que contexualizan a las decisiones de salud en el caso de las enfermedades raras.
El objetivo que guía esta investigación es: Explorar las interacciones y relaciones cotidianas que constituyen colectivos híbridos y redes socio-médicas en relación a las enfermedades raras, y su impacto en las decisiones de salud en este heterogéneo tipo de condiciones. Para esto se proponen los siguientes objetivos específicos:
1. Explorar los colectivos híbridos y redes socio-médicas que individuos, objetos y procedimientos constituyen en este tipo de condiciones.
2. Analizar las prácticas, materialidades y lógicas que emergen de estas relaciones y son relevantes en la toma de decisiones de salud de enfermedades raras.
3. Explorar las subjetividades, identidades y biociudadanías producidas en los colectivos híbridos en torno a las enfermedades raras.
4. Analizar la configuración de escenarios de desigualdad y precariedad en torno a las enfermedades raras, desde la constitución de redes socio-médicas y colectivos híbridos en el contexto chileno.
La metodología de esta investigación se desprende de un enfoque epistemológico post-cualitativo. El diseño consiste en tres modúlos: (1) Módulo de entramados normativos y prácticas expertas (análisis de documentos sobre diagnóstico y tratamiento de enfermedades raras en Chile, etnografía de dispositivos y entrevistas a expertos), (2) Módulo de biociudadanías (análisis de documentos de organizaciones de pacientes, etnografías de prácticas con organizaciones de pacientes y narrativas postcualitativas) y (3) Módulo de redes socio-médicas y colectivos híbridos (foros híbridos).
En los resultados esperados, este estudio impacta en tres áreas de los estudios sociales de la salud: (1) Aproximadamente un 5,6% de la población chilena. Producir información respecto a la toma de decisiones de salud es una contribución a cualquier persona con este tipo de enfermedades.(2) La capacidad de acceder a diversas redes para la gestión de decisiones de salud es una dimensión que está cruzada por la desigualdad social, particularmente en el caso chileno donde vivir con una enfermedad rara es vivir en una doble vulneración. (3) Este estudio permite entender que hay cosas no-médicas que están en juego en las decisiones de salud, y en ese sentido, también aporta a pensar las decisiones en enfermedades frecuentes, en tanto permite explorar otras dimensiones de las decisiones de salud, que se invisibilizan más cuando están normalizadas por una ocurrencia más frecuente.[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
Investigador/a Responsable
- Marzo 2022 - Marzo 2025
FinalizadoAgencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID
Decision-focused learning under the lens of mathematical programming
[vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""]Numerous real-life decision-making processes involve solving a task with uncertain input that can be estimated from historic data. There is a growing interest in decision-focused learning methods (a.k.a. smart predict-then-optimize) whose goal is to find models that fit the data while considering how the predicted input will perform in a particular task. For example, the task can be a shortest path problem that uses predictions on travel times in the objective function. Fitting the data and ignoring the task may lead to sub-optimal decisions. Sometimes, uncertainty is involved in the constraints of the model. In this case, ignoring the task would lead to infeasible decisions. The goal of this project is to develop efficient exact algorithms and new applications to train a Machine Learning models that perform well in one or several tasks using mathematical programming (MP) tools.
In this context, the typical measure of a predictor is the regret: the excess cost incurred when making a suboptimal decision due to an imprecise predictor. This problem is bilevel in nature: the top-level decision consists in determining a predictor that minimizes a regret while considering that the predictions will affect a task, e.g. an optimization problem in a lower level. This structure is typically non-convex and non-continuous, making the problem difficult to solve for realistic instances. However, several recent advances in bilevel-tailored approaches exploit this structure and can solve large scale problems.
There are two main ways of estimating task-oriented predictors: 1) stochastic gradient-based methods; and 2) MP reformulations of the problem. Stochastic gradient-based methods replace the non-differentiable regret for some differentiable surrogate loss function approximating the real loss. Due to advances in neural network implementations and stochastic gradient-descent this approach is the most applied among researchers and practitioners in the Machine Learning community.
MP for data science has attracted the attention of researchers and practitioners in different areas as mathematics, operations research, computer science during the last years. It provides some degree of flexibility, being able to model desirable considerations for predictions models. For instance, MP has been successfully used to train sparse models yielding improved explainability and/or fairness. Moreover, MP models are in many cases solvable by any off-the-shelf solver. However, for the decision-focused learning problem there are still many gaps using MP formulations. To the best of our knowledge, MP formulations have been used only for surrogate loss functions.
Behind the low usage of MP tools is the scalability. A typical ML setting involves data sets involving thousands of observations. In consequence, the training task becomes more difficult. To tackle this issue, decomposition methods such as cut and column generation can help to solve problems at scale. We aim to provide efficient exact methods that can return either optimal solutions, or optimality guarantees for large scale instances.
During the last years, decision-focused learning has been widely applied to combinatorial optimization problems. However, this approach can also be used in many other applications such as Markov decision processes (MDPs) or game theory. In the first case, we can take algorithmic advantage of well-known existing algorithms for MDPs such as value iteration or policy iteration, or approximation techniques such as Q-learning. The game-theoretic setting is more challenging: depending on the notion of equilibrium the loss function would change. For instance, the definition of regret can be applied straightforwardly to Stackelberg equilibria (or leader-follower equilibria), a concept widely applied to energy markets, security and transportation. In the case of Nash equilibrium, the definition of regret is not direct anymore. We hope to develop models that adapt the decision-focused learning paradigm to this broader context.
The study of this topic requires the use and development of MP of tools along with their algorithmic analysis. During the project, we expect to develop efficient of algorithms that can be used by decision making, as well as contribute in the understanding of the theoretical aspects of decision-focused learning.[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
Investigador/a Responsable
- 11220843
- Marzo 2022
FinalizadoAgencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID
Noticing en un curso de Desarrollo Profesional: Atendiendo al pensamiento algebraico de estudiantes de educación básica
[vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""]Esta investigación se centra en el conocimiento del profesor de matemáticas de educación básica en ejercicio y se sitúa como la continuación de un proyecto de investigación adjudicado en 2020 por el IR (La construcción del pensamiento algebraico en la Formación Inicial Docente: un estudio exploratorio). El interés de este proyecto de iniciación en investigación 2022 está puesto en indagar cómo los docentes consideran el pensamiento matemático de sus estudiantes para interpretar situaciones de enseñanza-aprendizaje y tomar decisiones en el momento. Dado que los contextos de enseñanza de las matemáticas son complejos y dinámicos, los programas o cursos de Desarrollo Profesional son considerados un espacio para comprender y enriquecer el conocimiento profesional de los docentes, los cuales deben estar al servicio del aprendizaje y rendimiento de los estudiantes. Como una forma de abordar el conocimiento profesional de los docentes se encuentra la competencia del Noticing, la cual permite resolver tareas profesionales y se considera un elemento crucial de la experticia del profesor de Matemáticas. Sin embargo, la especificidad en el conocimiento del profesor hace necesario profundizar en el desarrollo del Noticing a través de diferentes dominios de conocimiento de las matemáticas escolares. De esta forma, esta investigación indagará en describir cómo profesores de matemáticas de educación básica en ejercicio promueven el pensamiento algebraico de sus estudiantes. Así, el tema de este proyecto extiende la investigación previa que se ha centrado, principalmente, en la formación inicial docente y en alguno de los aspectos del álgebra (como los patrones). Los objetivos generales de investigación son:
Caracterizar el conocimiento profesional evidenciado por docentes de educación básica sobre el fomento del pensamiento algebraico al participar de un curso de DP.
Identificar las acciones desarrolladas en un curso de DP que fomentan la competencia del Noticing en los docentes de educación básica.
Conceptualmente, la competencia del Noticing se aborda desde el componente Atender al pensamiento matemático de los estudiantes (Jacobs, Lamb y Philipp, 2010) y su propósito central es comprender las características del pensamiento de los estudiantes, interpretarlo y tomar decisiones informadas. Este componente involucra tres habilidades interrelacionadas: (a) prestar atención a las estrategias de los estudiantes; (b) interpretar sus comprensiones; y (c) decidir cómo responder sobre la base de dichas comprensiones. Adicionalmente, este proyecto se basa en el marco conceptual del álgebra propuesto por Kaput (2008), el cual organiza la enseñanza del álgebra a través de cuatro prácticas (generalización, representación, justificación y razonamiento) que se encuentran presente en cada uno de los enfoques al pensamiento algebraico (aritmética generalizada; equivalencia, expresiones, ecuaciones e inecuaciones; y pensamiento funcional).
De manera general, este proyecto sigue las directrices metodológicas de la Investigación de Diseño (Swan, 2020). Participarán 20 profesores de educación básica que realizan clases de matemáticas en colegios municipales con los cuales la Institución Patrocinante tiene convenios. Para indagar cómo se desarrolla la habilidad del Noticing en el curso de Desarrollo Profesional sobre pensamiento algebraico, los docentes participarán del curso, así como de entrevistas individuales semiestructuradas y de grabaciones de clases. El foco de análisis de la información estará centrado en las producciones orales y escritas de los docentes, los cuales permitirán analizar cómo se va desarrollada la competencia descrita.
Este proyecto contempla la ejecución de cuatro etapas a desarrollar en dos años: (a) diseño inicial del curso de Desarrollo Profesional; (b) recogida de la información; (c) organización y análisis de datos; y (d) difusión de resultados.
El impacto esperado de los resultados influirá en tres áreas principales: (a) investigación e internacionalización, consolidando y posicionando una línea de investigación novedosa en el campo de la educación matemática; (b) docencia en pre y posgrado, enriqueciendo la formación inicial y continúa de profesores; y (c) redes de colaboración, lo cual permitirá seguir estableciendo un trabajo conjunto con investigadores nacionales e internacionales interesados en la mejora de las prácticas matemáticas que se realizan en el aula.
Referencias
Jacobs, V. R., Lamb, L. L. y Philipp, R. A. (2010). Professional noticing of childrens mathematical thinking. Journal for Research in Mathematics Education, 2(41), 169-202.
Kaput, J. (2008). What is algebra? What is the algebraic reasoning? En J. . Kaput, D. W. Carraher y M. L. Blanton (Eds.), Algebra in the early grades (pp. 5-17). Nueva York, NY: Lawrence Erlbaum Associates.
Swan, M. (2020). Design Research in Mathematics Education. En S. Lerman (Ed.), Encyclopedia of Mathematics Education (pp. 192-195). Springer. https://doi.org/10.1007/978-3-030-15789-0_180.[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
Investigador/a Responsable
- 1221032
- Marzo 2022 - Marzo 2025
FinalizadoAgencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID
Medición del efecto del habla sincronizada en la inteligibilidad y la comprensibilidad en aprendientes de inglés como lengua extranjera
[vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""].[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
Investigador/a Responsable
- 1220209
- Marzo 2022 - Marzo 2026
En EjecuciónAgencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID
On the effects of implicit and explicit corrective feedback on perception and production of English sentence accent and (post)nuclear intonation as moderated by L2 foreign language aptitude, working memory and musical ability
[vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""].[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
Co-Investigador/a
- 1220762
- Marzo 2022 - Diciembre 2026
En EjecuciónAgencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID
Adaptive Mobilities: daily mobility in the Chiloé Archipiélago
[vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""]Movilidades Adaptativas Adaptive mobilities a transdisciplinary approach to daily mobility on the chiloé archipelago es un proyecto Fondecyt Regular 1220762 (2022-2025) cuyo objetivo general es analizar la movilidad cotidiana en 4 sistemas archipelágicos (Calbuco, Chauques, Quinchao y Desertores), enfatizando tanto en las experiencias adaptativas y sus interrelaciones con actores humanos y no-humanos, como en la animación de formas de encuentro dialógico entre investigadores e isleños.[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
Co-Investigador/a
- 1220508
- Marzo 2022 - Diciembre 2026
En EjecuciónAgencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID
Violencia de Género en el ámbito de la (ex)pareja: Interseccionalidad, agencias y resistencias
[vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""]El presente estudio se centra en la violencia de género en relaciones de pareja a partir de experiencias de jóvenes universitarias chilenas, examinando el maltrato psicológico, físico y sexual.[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
Co-Investigador/a
- Marzo 2022 - Febrero 2024
En EjecuciónAgencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID
The epidemiology of antimicrobial resistance in a region with intense aquaculture activity: evaluating the role of bivalve mollusks as sentinel organisms and potential impacts on public health
[vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""]Antimicrobial resistance (AMR) is a phenomenon that happens when bacteria become tolerant to antibiotics used to treat the infections they cause. Antibiotics are key therapeutic tools to treat many human and animal infectious diseases; consequently, keeping their activity on bacteria is fundamental for public and animal health. Aquaculture farming is known for using large amounts of antibiotics, making this activity particularly relevant in development and spread of AMR in aquatic environments. There is evidence in Chile that aquaculture activity increases the presence of resistant bacteria and their corresponding genes in marine sediments directly impacted by salmon farms; however, these evaluations are limited to few locations which hampers a generalization of these conclusions to other salmon farming sites in Chilean waters. There is also evidence suggesting that aquaculture-associated resistance genes present in marine sediments might be transferred to bacteria with pathogenic potential in humans such as Escherichia coli, but no studies have reported the presence of resistance traits in such bacteria in the marine environment from areas impacted by salmon farming in Chile. In countries like Norway, bivalve mollusks are used to monitor antibiotic resistance in Enterobacteria in the marine environment; therefore, they could also be useful for monitoring AMR associated with salmon farming and other anthropogenic sources in Chile. Sampling of bivalve mollusks represents an important logistical advantage to complex and expensive seabed sediment sampling. Los Lagos is the region with the highest historical production of farmed salmon in Chile; then, it is a suitable area to investigate the impact of aquaculture-sourced AMR in the marine environment.
The general objective of this proposal is to investigate aquaculture-associated AMR in the marine environment of Los Lagos region from an epidemiologic approach, using bivalve mollusks as sentinel organisms and E. coli as the indicator bacterium. Specific objectives include: 1) to detect, characterize and estimate the prevalence of AMR in E. coli isolated from bivalve mollusks in the Los Lagos region, through a region-level sampling; 2) to study the spatial variability of AMR in E. coli isolated from bivalve mollusks from Los Lagos region; 3) to evaluate the effect of salmon farming activity on the richness and intensity of AMR in E. coli isolated from bivalves from Los Lagos region, controlling for potential confounding factors; and 4) to determine whether significant differences exist in the accumulation of E. coli and resistant E. coli in bivalve mollusks between the sampled bivalve species, accounting for environmental and biological factors.
Bivalve mollusks samples will be obtained the 130 sampling stations set along the coast of Los Lagos by the National Program for Surveillance and Control of Harmful Algal Blooms Intoxications (red tides) coordinated by the Ministry of Health. Thirty-three additional sampling stations will be set in the same study area in order to achieve the calculated total sample size of 163 sampling stations. At each sampling station bivalve mollusks will be sampled to quantify E. coli and to detect and characterize both phenotypic and genotypic AMR in this bacterium. The study will be focused in 29 antimicrobial resistance genes (ARGs) and 20 antibiotics commonly used in salmon farming or for which resistance has been detected in previous studies. The antimicrobial susceptibility will be performed by estimating the minimal inhibitory concentrations (MICs) for each antibiotic using the VITEK2 technology. The genotypic analysis will be carried out by means of the detection target ARGs, through PCR. Spatial clustering will be examined for each antibiotic tested using MIC values and the ARG richness index; global clustering will be evaluated through the Morans I statistic, while local clustering will be examined by means of the spatial scan statistic. ARG richness will be modeled as a function of the local salmon farming intensity expressed as the number of active salmon farms within 10 km seaway distance from the bivalve sampling location, using a Poisson mixed-effects model in order to control for other AMR sources and important environmental variables. Similar models will be constructed using MICs as the outcome for antimicrobials that show substantial variability in this parameter. Finally, the abundance of both total and resistant E. coli (MPN/100g) found in bivalve mollusks will be modeled as a function of the bivalve species sampled, accounting for bivalve size, water temperature, local salmon farming intensity and distance to other AMR sources, using a mixed-effect linear regression model.
This study will contribute to characterize and to identify the main drivers of the environmental AMR in an area with intense salmon farming activity, and it will help to understand how this AMR can impact public health through potential pathogenic bacteria. In practice, this proposal will be the first extensive epidemiological study in this matter in Chile. Moreover, this proposal will help to determine which bivalve mollusks species are suitable to monitor AMR in environments impacted by salmon farming. All this information will be crucial to set the foundations for a future AMR monitoring program in areas of intense aquaculture.[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
Investigador/a Responsable
- 648531
- Marzo 2022 - Febrero 2024
AdjudicadoAgencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID
Aprendizaje activo para algoritmos basados en bolsas de características con aplicaciones en textos e imágenes
Co-Investigador/a
- 648531
- Marzo 2022 - Febrero 2024
En EjecuciónAgencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID
Nuevos métodos computacionales para caracterizar la arquitectura genética de reordenamientos genómicos complejos en cánceres Chilenos
El cáncer es la segunda causa de muerte en la población Chilena y se proyecta que en diez años será la primera causa de muerte en el país. A nivel regional, la región de O Higgins es la que presenta la mayor incidencia de muertes por cáncer. Actualmente, Chile invierte alrededor del 1% del PIB en atención y tratamiento del cáncer. Es indispensable y urgente comenzar a caracterizar molecularmente los cánceres prevalentes de la población Chilena pues esto permitirá integrar información que impactará las decisiones clínicas permitiendo la implementación de tratamientos específicos para los pacientes. El estudio genómico y molecular de sistemas biológicos complejos, como el desarrollo y progresión del cáncer, requieren del desarrollo de nuevos algoritmos y modelos teóricos para analizar e interpretar datos genómicos complejos (big- data). El principal objetivo del laboratorio de genómica computacional que instalaré en el instituto de ciencias de la ingeniería de la Universidad de O Higgins será desarrollar investigación de vanguardia entorno al diseño y aplicación de nuevos algoritmos y tecnologías ómicas para estudiar la arquitectura genómica de cánceres prevalentes de la población Chilena. La meta a largo plazo es trasladar estas tecnologías a la práctica clínica e impulsar la implementación de programas de medicina de precisión enfocados en el tratamiento y prevención del cáncer en nuestro país y región. Un segundo objetivo es impulsar y liderar investigación multidisciplinaria en temáticas de salud, agroindustria y minería, sectores críticos a desarrollar en la región de O'Higgins. Finalmente, el laboratorio de genómica computacional contribuirá a la formación de capital humano avanzado en áreas asociadas a la genómica, bioinformática y biología computacional.
Co-Investigador/a





