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    • 1221029
    • Marzo 2022 - Marzo 2026
    En EjecuciónAgencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID

    New computational algorithms to elucidate the genetic architecture and functional impact of large-scale rearrangement in prevalent Chilean cancers.

    [vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""]The Chilean government recently launched the national cancer plan to increase survival rates and reduce cancer incidence, which is projected to become the first cause of death in the Chilean population. Only in 2020, more than 55,000 new cases of cancer were registered. Therefore, starting the molecular characterization of the prevalent cancers of the Chilean population is urgent since this can inform therapeutic decisions and thus promote more specific treatments for patients, positively impacting survival rates and prevention. Due to the constant improvement of sequencing technologies, cancer research increasingly relies on the interpretation and analysis of high-dimensional genomic data. Genomic cancer analysis has revealed that the mutation repertoire of tumors is vast and goes from single nucleotide variants to whole-genome duplications. Structural variants (SVs) and copy number alterations are significant drivers of cancer proliferation and represent the building blocks of complex mutational processes involving the rearrangement of large genomic regions. These complex genomic rearrangements have functional consequences (e.g., gene fusion formation, inactivation of tumor suppressor) and have been associated with lower survival and poor response to immunotherapy. The patterns of small somatic variants have been well studied and characterized in human cancers. However, the genetic architecture and functional consequences of complex genomic rearrangements, despite their clinical significance, still need to be explored due to algorithmic and technological limitations. Therefore, the aims of this proposal are first to develop novel computational tools to fully characterize the genetic architecture of complex genomic rearrangements and second to study their functional impact on tumor gene expression programs through the lens of a solid theoretical framework. Methodologically, the de novo assembly of genomes is the only approach that allows a complete and unbiased characterization of all genomic alterations. Recently, we developed WENGAN, a new algorithm for the ultrafast, accurate, and complete de novo reconstruction of human genomes combining short and long reads technologies. Initial validation of WENGAN for de novo reconstruction of cancer genomes enabled the discovery of a large degree of tumor genomic reorganization with thousands of SVs. The latter remains elusive when using alternative algorithms and technologies. Therefore, this experience represents a solid foundation for developing this proposal. We will work with the following specific objectives: 1) Develop efficient algorithms to reconstruct haplotype-resolved genomes; 2) combine haplotype-resolved genomes and variation graphs with building complete structural variant maps of tumors; 3) study the functional impact of complex SVs at the single-cell level; and 4) Infer from multi-omic data the tumor tasks (trade-offs) using the multi-task evolution theory. We have assembled a multidisciplinary network of national and international (France and Germany) experts in algorithms, sequencing technologies, and cancer genomics to develop these objectives. Additionally, we compromise the mentoring and training of undergraduate and magister students by offering thesis topics directly related to the proposal's goals. In summary, we propose an approach that integrates the development of new computational algorithms, a solid theoretical framework, and the generation of state-of-the-art multi-omic data to study the genetic architecture and functional impact of large-scale genomic rearrangements in a prevalent Chilean cancer. The project will deliver, in four years, the first haplotype-resolved Chilean genome, the first graph reference of Chilean individuals, and the first multi-omic characterization of a prevalent Chilean cancer.[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
    Investigador/a Responsable
    • Marzo 2022 - Marzo 2032
    En EjecuciónAgencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID

    CUARTO CONCURSO NACIONAL DE FINANCIAMIENTO BASAL PARA CENTROS CIENTÍFICOS Y TECNOLÓGICOS DE EXCELENCIA – PIA: Center for Mathematical Modeling.

    [vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""]Center for Mathematical Modeling.[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
    Co-Investigador/a
    • ICN2021_023
    • Febrero 2022 - Febrero 2032
    En EjecuciónAgencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID

    [vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""]El objetivo principal de MIGA (Millenium Institute in Green Ammonia) es consolidar un espacio interdisciplinario de excelencia científica promoviendo la formación de recursos humanos avanzados, conocimiento y tecnología en temas relacionados con la producción sostenible y el uso del amoniaco como vector energético. La misión de MIGA es abordar este desafío con un enfoque interdisciplinario que acorte las brechas tecnológicas actuales, avanzando en el conocimiento y la tecnología, generando capacitación interdisciplinaria en el área para nuevos investigadores, contribuyendo a la instalación de economías basadas en energías limpias para Chile y la comunidad internacional. MIGA es conceptualizado en cinco áreas de investigación interdisciplinarias e interrelacionadas: 1. Producción electroquímica de NH3 2. Producción de H2 a partir de electrólisis de NH3 3. Diseño y prototipos de pilas de combustible de NH3 4. Procesos de corrosión y protección 5. Economía del amoniaco[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
    Co-Investigador/a
    • Enero 2022 - Enero 2023
    FinalizadoAgencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID

    Micro-redes eléctricas para una agricultura energéticamente sustentable

    [vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""]En particular, el proyecto instalará y desarrollará en la región de O’Higgins capacidades humanas avanzadas y fortalecerá la cooperación internacional en temáticas relacionadas con el uso de micro-redes en agricultura. También, se instalará un proyecto piloto de micro-red eléctrica aplicado en cultivos bajo invernadero.[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
    Co-Investigador/a
    • Enero 2022 - Enero 2023
    FinalizadoAgencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID

    Micro-redes eléctricas para una agricultura energéticamente sustentable

    [vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""]En particular, el proyecto instalará y desarrollará en la región de O’Higgins capacidades humanas avanzadas y fortalecerá la cooperación internacional en temáticas relacionadas con el uso de micro-redes en agricultura. También, se instalará un proyecto piloto de micro-red eléctrica aplicado en cultivos bajo invernadero.[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
    Investigador/a Responsable
    • Enero 2022 - Enero 2023
    FinalizadoAgencia Nacional de Investigación y Desarrollo - ANID

    Micro-redes eléctricas para una agricultura energéticamente sustentable

    [vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""]En particular, el proyecto instalará y desarrollará en la región de O’Higgins capacidades humanas avanzadas y fortalecerá la cooperación internacional en temáticas relacionadas con el uso de micro-redes en agricultura. También, se instalará un proyecto piloto de micro-red eléctrica aplicado en cultivos bajo invernadero.[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
    Co-Investigador/a
    • Enero 2022 - Junio 2023
    FinalizadoUniversidad de O'Higgins

    Understanding the cardioceptive processing in the auditory perception: A EEG study

    [vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""]The project aims to study the cardiac cycle's impact on healthy adults' brain responses and auditory perception. Using electroencephalogram and electrocardiogram recordings, we compare the neuronal responses to heartbeats in response to auditory stimulation in the different phases of the cardiac cycle. We evaluate cardioceptive measures to establish relationships between neuronal activity and sensory and behavioral parameters.[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
    Investigador/a Responsable
    • Enero 2022 - Diciembre 2024
    FinalizadoMinisterio de Educación

    Sistema Articulado de Investigación en Cambio Climático y Sustentabilidad de Zonas Costeras de Chile (URO RED21992)

    [vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""]Sistema Articulado de Investigación en Cambio Climático y Sustentabilidad de Zonas Costeras de Chile CUECH/RISUE RED21992[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
    Co-Investigador/a
    • CP21-P134
    • Enero 2022 - Diciembre 2022
    Finalizado

    Volando en El Tiempo

    [vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""]“Volando en El Tiempo” es un cuento para niños y niñas (de 3 a 9 años) que se presenta en un novedoso formato: calendario con cuento de pared. La historia narra el viaje de una lora Tricahue desde la Región de O’Higgins a 12 lugares del país, donde conoce e interactúa con diferentes fenómenos meteorológicos y climatológicos. El producto unirá relatos cortos junto a ilustraciones y tendrá una página para cada mes, la identificación de las cuatro estaciones del año y actividades/preguntas para fomentar la observación de las niñas y niños del tiempo meteorológico. La creación de este producto contempla un equipo multidisciplinario con experiencia en divulgación de la ciencia, ciencias atmosféricas y en divulgación con niños y niñas. Se repartirán 1.500 unidades de los calendarios y además se propone crear un formato digital descargable del calendario y otro del cuento (junto con un audio-cuento) para poder difundir en otros públicos. Esperamos despertar la curiosidad de las niñas y niños que viven en Chile sobre las Ciencias Atmosféricas y Cambio Climático una manera simple: mirando un calendario y pudiendo observar por la ventana o saliendo a ver el cielo y así conocer sobre el tiempo a través del vuelo que hace la lora.[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
    Investigador/a Responsable
    • Enero 2022 - Diciembre 2024
    FinalizadoMinisterio de Educación

    Sistema Articulado de Investigación en Cambio Climático y Sustentabilidad de Zonas Costeras de Chile (URO RED21992)

    [vc_section el_class="container mx-auto align-items-center circle--pattern" css=".vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}"][vc_row el_class="pb-5"][vc_column][vc_wp_custommenu nav_menu="6"][uoh_breadcrumb_component automatic_breadcrumb="true"][uoh_title_component title_dropdown="big" title_decorator="true"]{{title}}[/uoh_title_component][vc_column_text css=""]Sistema Articulado de Investigación en Cambio Climático y Sustentabilidad de Zonas Costeras de Chile CUECH/RISUE RED21992[/vc_column_text][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649209804184{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5"][vc_column el_class="p-0"][/vc_column][/vc_row][/vc_section][vc_section css=".vc_custom_1649210787516{background-color: #f6faff !important;}" el_class="p-md-0 pt-md-5 pb-md-5"][vc_row el_class="container mx-auto align-items-center"][vc_column][/vc_column][/vc_row][/vc_section]
    Co-Investigador/a