Eduardo es Ph.D en Biología de la Universidad de Nuevo México, Estados Unidos. Realizó sus estudios de Magíster en Ciencias Biológicas, mención Zoología, y de Bachiller en Ciencias Biológicas en la Universidad Austral de Chile. Su carrera académica la ha desarrollado desde 1998 en la Facultad de Ciencias Biológicas de la Pontificia Universidad Católica de Chile, donde alcanza la jerarquía de Profesor Titular.
Su línea de investigación se relaciona con la biología evolutiva (sistemática filogenética, biogeografía y filogeografía) utilizando pequeños mamíferos de Chile y Sudamérica como modelos de estudio. Cuenta con diversas publicaciones científicas en revistas de alto impacto. Ha sido presidente de la Sociedad Chilena de Evolución y de la Sociedad de Biología de Chile. Entre 2021 y 2025 se desempeñó como integrante del Comité de Área de Postgrado en Ciencias Biológicas de la Comisión Nacional de Acreditación (CNA).