{"id":85491,"date":"2026-09-08T12:36:15","date_gmt":"2026-09-08T15:36:15","guid":{"rendered":"https:\/\/www.uoh.cl\/instituto-de-ciencias-de-la-ingenieria\/2026\/09\/08\/investigacion-desarrollada-en-la-uoh-revela-la-diversidad-oculta-del-sars-cov-2\/"},"modified":"2026-09-08T12:36:15","modified_gmt":"2026-09-08T15:36:15","slug":"investigacion-desarrollada-en-la-uoh-revela-la-diversidad-oculta-del-sars-cov-2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.uoh.cl\/instituto-de-ciencias-de-la-ingenieria\/2026\/09\/08\/investigacion-desarrollada-en-la-uoh-revela-la-diversidad-oculta-del-sars-cov-2\/","title":{"rendered":"Investigaci\u00f3n desarrollada en la UOH revela la diversidad oculta del SARS-COV-2"},"content":{"rendered":"<div class=\"wpb-content-wrapper\"><p>[vc_section el_class=&#8221;container mx-auto align-items-center circle&#8211;pattern&#8221; css=&#8221;.vc_custom_1648956589196{padding-top: 3rem !important;}&#8221;][vc_row][vc_column]<div class=\"breadcrumb\"><ol itemscope itemtype=\"https:\/\/schema.org\/BreadcrumbList\"><li itemprop=\"itemListElement\" itemscope itemtype=\"https:\/\/schema.org\/ListItem\"><a itemprop=\"item\" href=\"http:\/\/www.uoh.cl\"><span itemprop=\"name\">Inicio<\/span><\/a><meta itemprop=\"position\" content=\"1\" \/><li itemprop=\"itemListElement\" itemscope itemtype=\"https:\/\/schema.org\/ListItem\"><a itemprop=\"item\" href=\"https:\/\/www.uoh.cl\/instituto-de-ciencias-de-la-ingenieria\"><span itemprop=\"name\">Instituto de Ciencias de la Ingenier\u00eda <\/span><\/a><meta itemprop=\"position\" content=\"2\" \/><li itemprop=\"itemListElement\" itemscope itemtype=\"https:\/\/schema.org\/ListItem\"><a itemprop=\"item\" href=\"https:\/\/www.uoh.cl\/instituto-de-ciencias-de-la-ingenieria\/noticias\/\"><span itemprop=\"name\">Noticias<\/span><\/a><meta itemprop=\"position\" content=\"3\" \/><li itemprop=\"itemListElement\" itemscope itemtype=\"https:\/\/schema.org\/ListItem\"><span itemprop=\"name\">Investigaci\u00f3n desarrollada en la UOH revela la diversidad oculta del <\/span><meta itemprop=\"position\" content=\"4\" \/><\/ol><\/div><ul class=\"p-0 list-style-none d-inline-block\"><li class=\"p-0\"><a href=https:\/\/www.uoh.cl\/instituto-de-ciencias-de-la-ingenieria\/category\/ingenieria\/ class=\"px-1 py-2\">Ingenier\u00eda<\/a><\/li><\/ul><div class=\"date_publish_post\"> \u25cf Mar 08 de Septiembre 2026<\/div><div class=\"uoh_title_component-container\"><h1 class=\"title title--ms d-inline-block title--decorator  big\">Investigaci\u00f3n desarrollada en la UOH revela la diversidad oculta del SARS-COV-2<\/h1><\/div>[vc_row_inner el_class=&#8221;border-separator m-0&#8243;][vc_column_inner width=&#8221;2\/3&#8243;]<div class=\"author_wp_class\"> Escrito por <span>Universidad de O'Higgins<\/span><\/div>[\/vc_column_inner][vc_column_inner el_class=&#8221;align-items-end-publish&#8221; width=&#8221;1\/3&#8243;]<div class=\"uoh_social_network_component uoh_row col-12 justify-content-end m-0 p-0\"> <div class=\"icon__facebook-share-button\">\n                       <a href=\"https:\/\/www.facebook.com\/sharer\/sharer.php?u=https:\/\/www.uoh.cl\/instituto-de-ciencias-de-la-ingenieria\/2026\/09\/08\/investigacion-desarrollada-en-la-uoh-revela-la-diversidad-oculta-del-sars-cov-2\/\" target=\"_blank\"> <div class=\"icon__facebook-svg\"><svg version=\"1.1\" xmlns=\"http:\/\/www.w3.org\/2000\/svg\" xmlns:xlink=\"http:\/\/www.w3.org\/1999\/xlink\" x=\"0px\" y=\"0px\" width=\"22.4px\" height=\"48.3px\" viewBox=\"0 0 22.4 48.3\" style=\"overflow:visible;enable-background:new 0 0 22.4 48.3;\" xml:space=\"preserve\">\n                <defs>\n                <\/defs>\n                <path class=\"st0\" d=\"M22.4,15.6h-7.6v-5c0-1.9,1.2-2.3,2.1-2.3c0.9,0,5.4,0,5.4,0V0l-7.4,0C6.6,0,4.8,6.2,4.8,10.1v5.5H0v8.5h4.8\n                    c0,10.9,0,24.1,0,24.1h10c0,0,0-13.3,0-24.1h6.8L22.4,15.6z\"><\/path>\n                <\/svg><\/a><\/div>\n                    <\/div><div class=\"icon__twitter-share-button\">\n                        <div class=\"icon__twitter-svg\"><a target=\"_blank\" href=\"http:\/\/twitter.com\/share?url=https:\/\/www.uoh.cl\/instituto-de-ciencias-de-la-ingenieria\/2026\/09\/08\/investigacion-desarrollada-en-la-uoh-revela-la-diversidad-oculta-del-sars-cov-2\/\"><svg xmlns=\"http:\/\/www.w3.org\/2000\/svg\" height=\"1em\" viewBox=\"0 0 512 512\"><!--! 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Es la primera investigaci\u00f3n en Chile que utiliza secuenciaci\u00f3n ultra profunda del genoma completo para caracterizar la evoluci\u00f3n del SARS-CoV-2 dentro de las personas infectadas.<\/span><\/i>[\/vc_column_text][vc_column_text]\u00a0[\/vc_column_text][vc_column_text css=&#8221;&#8221;]Una investigaci\u00f3n concebida y desarrollada \u00edntegramente en la\u00a0<a href=\"http:\/\/www.uoh.cl\/\" data-saferedirecturl=\"https:\/\/www.google.com\/url?q=http:\/\/www.uoh.cl\/&amp;source=gmail&amp;ust=1788965154776000&amp;usg=AOvVaw20iOw8Eyrs60v8CZP4PZsT\">Universidad de O\u2019Higgins<\/a>\u00a0(UOH) permiti\u00f3 observar una dimensi\u00f3n del SARS-CoV-2 que la vigilancia gen\u00f3mica convencional generalmente no detecta: las variantes minoritarias que aparecen dentro de cada persona durante la infecci\u00f3n.<\/p>\n<p>El trabajo, titulado<a href=\"https:\/\/www.nature.com\/articles\/s41598-026-59521-8\" data-saferedirecturl=\"https:\/\/www.google.com\/url?q=https:\/\/www.nature.com\/articles\/s41598-026-59521-8&amp;source=gmail&amp;ust=1788965154776000&amp;usg=AOvVaw054vEQyIs-KbSxPW1ZvMR4\">\u00a0<\/a><a href=\"https:\/\/www.nature.com\/articles\/s41598-026-59521-8\" data-saferedirecturl=\"https:\/\/www.google.com\/url?q=https:\/\/www.nature.com\/articles\/s41598-026-59521-8&amp;source=gmail&amp;ust=1788965154776000&amp;usg=AOvVaw054vEQyIs-KbSxPW1ZvMR4\">\u201cUltra-deep sequencing reveals intra-host diversity and selective constraint in SARS-CoV-2 samples from Chile\u201d<\/a>, fue publicado en la revista cient\u00edfica\u00a0<em>Scientific Reports<\/em>. El estudio fue coordinado por el Dr. Alex Di Genova, acad\u00e9mico del Instituto de Ciencias de la Ingenier\u00eda y director del Centro UOH de Bioingenier\u00eda (CUBI). En la investigaci\u00f3n participaron tambi\u00e9n la acad\u00e9mica Carol Moraga y el acad\u00e9mico Mauricio Latorre.<\/p>\n<p>La investigaci\u00f3n analiz\u00f3 96 muestras de SARS-CoV-2 obtenidas en Chile entre 2020 y 2022, periodo que abarc\u00f3 la circulaci\u00f3n y el reemplazo de distintos linajes, desde las variantes iniciales hasta Lambda, Delta y \u00d3micron. La preparaci\u00f3n de las bibliotecas, la secuenciaci\u00f3n, el procesamiento bioinform\u00e1tico y la interpretaci\u00f3n de los resultados se realizaron en la UOH.<\/p>\n<h4><strong>Un error afortunado que abri\u00f3 una nueva pregunta<\/strong><\/h4>\n<p>El proyecto surgi\u00f3 en 2023, durante una prueba del secuenciador DNBSeq-G400. El equipo utiliz\u00f3 por error una celda de secuenciaci\u00f3n con una capacidad mucho mayor que la necesaria para las muestras disponibles. Como resultado, los genomas virales fueron secuenciados a una profundidad promedio cercana a 60.000\u00d7, muy por encima de lo requerido para identificar la variante predominante en cada paciente.<\/p>\n<p>En lugar de descartar ese exceso de informaci\u00f3n, los investigadores se preguntaron qu\u00e9 procesos biol\u00f3gicos pod\u00edan observarse con ese nivel de resoluci\u00f3n. La respuesta estaba en las variantes intra-hospedero o iSNVs: peque\u00f1os cambios gen\u00e9ticos presentes en una fracci\u00f3n de los virus que coexisten dentro de una misma persona infectada.<\/p>\n<p>\u201cTodo comenz\u00f3 con un error durante una prueba del secuenciador: utilizamos una celda mucho m\u00e1s grande de la que necesit\u00e1bamos y terminamos secuenciando las muestras a una profundidad enorme. En vez de quedarnos solamente con el genoma principal del virus, aprovechamos esos datos para mirar qu\u00e9 estaba ocurriendo dentro de cada paciente. Ese error termin\u00f3 abriendo una pregunta cient\u00edfica mucho m\u00e1s interesante\u201d, explica Alex Di Genova.<\/p>\n<h4><strong>M\u00e1s all\u00e1 de la variante dominante<\/strong><\/h4>\n<p>La vigilancia gen\u00f3mica tradicional reconstruye un genoma consenso, es decir, la versi\u00f3n predominante del virus presente en una muestra. Esta informaci\u00f3n fue fundamental durante la pandemia para seguir la aparici\u00f3n y expansi\u00f3n de variantes como Gamma, Lambda, Delta y \u00d3micron. Sin embargo, el consenso no muestra toda la diversidad viral que existe dentro de un individuo.<\/p>\n<p>La secuenciaci\u00f3n ultra profunda permiti\u00f3 examinar esas variantes minoritarias con criterios estrictos para separar se\u00f1ales biol\u00f3gicas reales de posibles errores t\u00e9cnicos. En total, el equipo gener\u00f3 m\u00e1s de 2.000 millones de lecturas y, despu\u00e9s de un proceso conservador de filtrado, identific\u00f3 2.890 iSNVs respaldadas por una alta profundidad de secuenciaci\u00f3n.<\/p>\n<p>La mayor\u00eda se encontraba en frecuencias bajas o intermedias y el cambio m\u00e1s com\u00fan fue de citosina a timina, un patr\u00f3n consistente con procesos de mutaci\u00f3n y edici\u00f3n del ARN descritos previamente para el SARS-CoV-2.<\/p>\n<h4><strong>Se\u00f1ales tempranas de evoluci\u00f3n viral y coinfecciones<\/strong><\/h4>\n<p>El an\u00e1lisis mostr\u00f3 que la evoluci\u00f3n del SARS-CoV-2 dentro de los pacientes estuvo dominada por selecci\u00f3n purificadora. Esto significa que la mayor\u00eda de las mutaciones que aparecen durante la infecci\u00f3n son eliminadas porque pueden afectar negativamente el funcionamiento del virus.<\/p>\n<p>Esta restricci\u00f3n no fue igual en todo el genoma. La prote\u00edna Spike y algunos genes accesorios, como\u00a0<em>ORF3a<\/em>,\u00a0<em>ORF7a<\/em>\u00a0y\u00a0<em>ORF8<\/em>, concentraron una mayor proporci\u00f3n de cambios que modifican prote\u00ednas. Estas se\u00f1ales permiten identificar regiones donde la diversidad viral puede tener mayores consecuencias funcionales, aunque no implican por s\u00ed solas la aparici\u00f3n de nuevas variantes.<\/p>\n<p>El estudio detect\u00f3 adem\u00e1s 13 coinfecciones candidatas. En estas muestras se observ\u00f3 un linaje viral predominante junto con mutaciones compatibles con un segundo linaje presente en menor proporci\u00f3n. Los casos coincidieron con periodos en que distintas variantes circulaban simult\u00e1neamente o se reemplazaban en Chile.<\/p>\n<p>\u201cLos iSNVs son una ventana a las primeras etapas de la evoluci\u00f3n viral dentro del hospedero. La mayor\u00eda de estos cambios no llegar\u00e1 a establecerse, pero nos permite observar d\u00f3nde se genera la diversidad, qu\u00e9 regiones del virus est\u00e1n m\u00e1s restringidas y cu\u00e1les acumulan se\u00f1ales de cambios funcionales. Es una capa de informaci\u00f3n que normalmente se pierde en la vigilancia basada \u00fanicamente en genomas de consenso\u201d, se\u00f1ala el acad\u00e9mico.<\/p>\n<h4><strong>Ciencia realizada de principio a fin en la UOH<\/strong><\/h4>\n<p>Una caracter\u00edstica central del estudio es que sus etapas experimentales y computacionales fueron desarrolladas en la Universidad de O\u2019Higgins. Las muestras se procesaron y secuenciaron localmente en el equipo DNBSeq-G400, mientras que el an\u00e1lisis bioinform\u00e1tico se ejecut\u00f3 mediante flujos de trabajo reproducibles en K\u00dcTRAL, la infraestructura de c\u00f3mputo de alto rendimiento de la UOH. Solo la ejecuci\u00f3n del flujo principal de an\u00e1lisis requiri\u00f3 cerca de 1500 horas de CPU.<\/p>\n<p>El trabajo integr\u00f3 las capacidades del Laboratorio de Biolog\u00eda Computacional, el Laboratorio de Bioingenier\u00eda, SeqUOH, CUBI y K\u00dcTRAL. Adem\u00e1s, los datos, el c\u00f3digo empleado en los an\u00e1lisis y las figuras se encuentran disponibles p\u00fablicamente en el<a href=\"https:\/\/github.com\/digenoma-lab\/covid_genomics\" data-saferedirecturl=\"https:\/\/www.google.com\/url?q=https:\/\/github.com\/digenoma-lab\/covid_genomics&amp;source=gmail&amp;ust=1788965154776000&amp;usg=AOvVaw3ndRB6J6Fx_Yxdb8kRFzjM\">\u00a0repositorio del\u00a0 CBLab<\/a>, mientras que las lecturas de secuenciaci\u00f3n fueron depositadas en repositorios cient\u00edficos internacionales.<\/p>\n<p>\u201cEste trabajo demuestra que en la UOH tenemos la capacidad de desarrollar un estudio gen\u00f3mico completo: desde generar los datos hasta analizarlos e interpretarlos. Esa capacidad no sirve solamente para estudiar el COVID-19; queda instalada para responder a futuras enfermedades infecciosas y para abordar otros problemas biom\u00e9dicos relevantes para Chile\u201d, destaca Di Genova.<\/p>\n<p>Los resultados muestran que la secuenciaci\u00f3n ultra profunda puede complementar la vigilancia gen\u00f3mica tradicional al revelar procesos tempranos y sutiles de evoluci\u00f3n viral. Al mismo tiempo, el estudio evidencia que desde la Regi\u00f3n de O\u2019Higgins es posible generar investigaci\u00f3n gen\u00f3mica de frontera, con infraestructura y capacidades cient\u00edficas desarrolladas en la propia Universidad.[\/vc_column_text][vc_zigzag color=&#8221;white&#8221;][\/vc_column][\/vc_row][\/vc_section][vc_section css=&#8221;.vc_custom_1650255686594{background-color: #f6faff !important;}&#8221; el_class=&#8221;p-md-0 pt-md-5&#8243;][vc_row el_class=&#8221;container mx-auto align-items-center p-md-0 pt-5 pb-5&#8243;][vc_column el_class=&#8221;pb-5&#8243;][vc_row_inner el_class=&#8221;pb-5&#8243;][vc_column_inner]<div class=\"row m-0 p-0\"><div class=\"col-12 col-md-9 pt-5 pt-md-0\"><h2 class=\"title title--decorator title--ms d-inline-block\">Te Recomendamos<\/h2><\/div><\/div><div class=\"content-holder\"><div class=\"row  swipper-news-list not--activate-hack \"><div class=\"row -wrapper\"><div class=\"  col-sm-6 col-md-4 img-article\">\n                                        <div class=\"content-news-display row m-0 p-0\"><div class=\"holder p-0 \"><div class=\"img-wrap img-wrap-news\">\n                                        <div class=\"caption__news-category\">\n                                        <a href=\"https:\/\/www.uoh.cl\/instituto-de-ciencias-de-la-ingenieria\/category\/ingenieria\/\">\n                                        Ingenier\u00eda<\/a><\/div><img decoding=\"async\" class=\"w-100 h-100 lazyload\" data-src=\"https:\/\/www.uoh.cl\/instituto-de-ciencias-de-la-ingenieria\/wp-content\/uploads\/sites\/27\/2026\/09\/SARS-COV-2.png\" alt=\"Investigaci\u00f3n desarrollada en la UOH revela la diversidad oculta del SARS-COV-2\" style=\"--smush-placeholder-width: 1536px; --smush-placeholder-aspect-ratio: 1536\/1024;object-fit: cover; object-position: center;\" src=\"data:image\/svg+xml;base64,PHN2ZyB3aWR0aD0iMSIgaGVpZ2h0PSIxIiB4bWxucz0iaHR0cDovL3d3dy53My5vcmcvMjAwMC9zdmciPjwvc3ZnPg==\"><\/div><\/div><div class=\"caption py-3 caption__news py-md-3 pb-md-5\">\n                                    <span class=\"caption__date\">Martes 8, Septiembre<\/span>\n                                     <a href=\"https:\/\/www.uoh.cl\/instituto-de-ciencias-de-la-ingenieria\/2026\/09\/08\/investigacion-desarrollada-en-la-uoh-revela-la-diversidad-oculta-del-sars-cov-2\/\">\n                                    <h3 class=\"small-space\">Investigaci\u00f3n desarrollada en la UOH revela la diversidad oculta del SARS-COV-2<\/h3><\/a>\n\n                                    <p>El estudio, publicado en Scientific Reports, revista de Nature Portfolio, analiz\u00f3 96 muestras chilenas con una profundidad promedio cercana a 60.000\u00d7. Es la primera investigaci\u00f3n en Chile que utiliza secuenciaci\u00f3n ultra profunda del genoma completo para caracterizar la evoluci\u00f3n del SARS-CoV-2 dentro de las personas infectadas.<\/p>\n                                    <a class=\"link link--bold mt-md-3\" href=\"https:\/\/www.uoh.cl\/instituto-de-ciencias-de-la-ingenieria\/2026\/09\/08\/investigacion-desarrollada-en-la-uoh-revela-la-diversidad-oculta-del-sars-cov-2\/\">Saber m\u00e1s <span class=\"icon icon--inline icon--link\"><svg version=\"1.1\" xmlns=\"http:\/\/www.w3.org\/2000\/svg\" xmlns:xlink=\"http:\/\/www.w3.org\/1999\/xlink\" x=\"0px\" y=\"0px\" width=\"22px\"height=\"22px\" viewBox=\"0 0 22 22\" style=\"overflow:visible;enable-background:new 0 0 80 64.6;\" xml:space=\"preserve\"><g clip-path=\"url(#acA)\"><path fill-rule=\"evenodd\" d=\"M21.913 11.266a.93.93 0 000-.711c-.022-.056-.063-.097-.091-.144s-.053-.103-.097-.15L12.306.294c-.357-.379-.955-.394-1.334-.038s-.394.955-.038 1.334l7.917 8.374H.927a.95.95 0 00-.908.983.946.946 0 00.908.908h17.924l-8.089 8.552c-.357.379-.341.977.034 1.334s.977.341 1.334-.034l9.594-10.148c.044-.044.063-.1.097-.15.028-.047.069-.088.091-.141z\"\/><\/g><defs><clipPath id=\"acA\"><path fill=\"#fff\" d=\"M0 0h22v22H0z\"\/><\/clipPath><\/defs><\/svg><\/span><\/a><\/div><\/div><\/div><div class=\"  col-sm-6 col-md-4 img-article\">\n                                        <div class=\"content-news-display row m-0 p-0\"><div class=\"holder p-0 \"><div class=\"img-wrap img-wrap-news\">\n                                        <div class=\"caption__news-category\">\n                                        <a href=\"https:\/\/www.uoh.cl\/instituto-de-ciencias-de-la-ingenieria\/category\/ingenieria\/\">\n                                        Ingenier\u00eda<\/a><\/div><img decoding=\"async\" class=\"w-100 h-100 lazyload\" data-src=\"https:\/\/www.uoh.cl\/instituto-de-ciencias-de-la-ingenieria\/wp-content\/uploads\/sites\/27\/2026\/09\/Genomica-1.jpeg\" alt=\"Investigadores detectan diferencias en tumores chilenos que las referencias gen\u00f3micas internacionales no siempre capturan\" style=\"--smush-placeholder-width: 1600px; 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